Corleone, 1901. Il piccolo Vito Andolini assiste alla morte del fratello Paolo durante il corteo funebre del padre Antonio, fatto uccidere da Don Ciccio, il capomafia locale. La madre di Vito in seguito prova a far perdonare la famiglia dal boss, ma davanti alla sua freddezza e indisponibilità minaccia di ucciderlo con un coltello alla gola, finendo trucidata davanti agli occhi del figlio per permettergli di fuggire. Per essere salvato Vito viene fatto emigrare in America, dove, per una svista anagrafica, il suo cognome diventa "Corleone". A causa del vaiolo viene mandato in quarantena a Ellis Island, per poi iniziare a lavorare onestamente nel negozio di alimentari del signor Abbandando.

1958. Il figlio di Vito, Michael Corleone, guida l'omonima cosca mafiosa nel Nevada. Da molti anni è immerso in affari assai vantaggiosi nel campo del gioco d'azzardo del Nevada e nella Cuba corrotta del dittatore Batista, insieme ad altri malavitosi e a uomini d'affari prevalentemente statunitensi. Il ricco e potente capitalista ebreo Hyman Roth, che guida il lucroso business a Cuba e si finge un fidato amico, trama tuttavia per eliminare subdolamente Michael: egli riesce quasi nel suo intento mandando alcuni sicari nella villa del boss sul lago Tahoe, i quali però falliscono e vengono uccisi da un misterioso complice prima di poter essere catturati dagli uomini dei Corleone.

1917. A un anno dal suo matrimonio con Carmela e dalla nascita del suo primogenito Sonny, Vito viene licenziato in favore del nipote di Don Fanucci, piccolo ma feroce boss di quartiere. Successivamente si imbatte nei malavitosi Peter Clemenza e Salvatore Tessio, che divengono suoi amici e con cui inizia alcune attività criminali. Don Fanucci li ricatta a fine di estorsione, imponendo un alto tributo finanziario, ma il giovane Vito, fingendo di assecondarlo, lo assassina in un agguato a colpi di pistola. Inizia così la sua ascesa nella criminalità e in pochi anni diviene uno dei più importanti boss mafiosi di New York: egli controlla i racket del contrabbando di tabacchi e alcolici, la corruzione, la prostituzione e il gioco d'azzardo. Divenuto un potente e temuto signore del crimine, Don Vito ritorna a Corleone per vendicare i genitori e il fratello uccidendo barbaramente l'ormai anziano Don Ciccio con una pugnalata all'addome.

1958. Michael sospetta proprio di Hyman Roth e lo va a trovare a Miami facendogli credere di dubitare del proprio ex caporegime, il boss di New York Frankie Pentangeli, che da lungo tempo preme per avere il permesso di assassinare i fratelli Rosato, suoi rivali protetti da Roth. Successivamente Michael chiede a Pentangeli di fare la pace con i Rosato con l'intento di avvicinarsi a Roth e smascherare il traditore all'interno della propria famiglia: Frankie accetta di aiutarlo, ma durante l'incontro con i Rosato viene aggredito e quasi ucciso dagli uomini di Roth che gli fanno credere che sia una mossa di Michael.

Intanto Tom Hagen assume temporaneamente il comando della Famiglia Corleone e a nome di Michael organizza un piano per controllare Pat Geary, senatore del Nevada che ha osato ricattare i Corleone: il fido sicario Al Neri viene mandato nella casa di tolleranza di loro proprietà di Las Vegas dove il senatore è a letto con una giovane prostituta e dopo aver tramortito l'uomo uccide la ragazza. In questo modo Geary si sveglia in stato confusionale e teme di essere stato lui il carnefice della ragazza, ma Tom Hagen si reca sul posto di persona e gli promette di risolvere la situazione: in cambio il senatore dovrà recarsi nella villa di Tahoe e proclamare il suo rispetto per i Corleone, unico mezzo per salvarsi la reputazione.

Nel frattempo Michael si reca a Cuba per architettare l'omicidio di Roth: qui tuttavia scopre per caso che il traditore è il fratello Fredo, il quale ha venduto a Johnny Ola, braccio destro di Roth, alcune importanti informazioni sulle divisioni della famiglia e ha introdotto i sicari nella villa. Michael rinnega completamente il fratello, ma ordina che non gli sia fatto nulla finché la loro madre è ancora in vita.

Fallito il tentativo di eliminare Roth a Cuba, Michael torna negli Stati Uniti a seguito della presa del potere di Fidel Castro. Dopo aver appreso da Hagen che sua moglie Kay ha perduto il bambino che aspettava, il boss deve affrontare una commissione d'inchiesta senatoriale pilotata da Roth che lo accusa avvalendosi delle delazioni del pentito Pentangeli, entrato a far parte del programma testimoni per proteggersi da un altro eventuale tentativo di omicidio: il boss di New York tuttavia viene indotto a tacere al momento dell'interrogatorio dall'imprevista e inquietante presenza in aula del fratello, Vincenzo Pentangeli, che fa scattare in lui la legge dell'omertà basata sul timore per la vita del fratello.

Assolto dalle accuse di associazione criminale, Michael trama la propria vendetta contro Roth e lo fa uccidere dal caporegime Rocco Lampone all'aeroporto di Miami: contemporaneamente il riluttante Hagen spinge Frankie Pentangeli al suicidio in cella per aver testimoniato contro i Corleone, con la promessa di risparmiare la sua famiglia. Nello stesso periodo la madre di Michael viene a mancare e per l'occasione la sorella Connie gli si riavvicina, affermando che vuole rientrare nella famiglia dopo il suo allontanamento poiché ha finalmente perdonato Michael per aver assassinato suo marito Carlo. Ella lo supplica di perdonare Fredo allo stesso modo e apparentemente Michael decide di riabbracciare suo fratello, perdonando la sua condotta. Si tratta tuttavia di una finzione e il boss fa uccidere suo fratello da Al Neri durante una gita sul lago Tahoe. Fredo, nonostante abbia probabilmente intuito quale sarebbe stato il suo destino, non si oppone e recita un'Ave Maria prima di morire.

Michael ha dunque trionfato sui suoi nemici, ma Kay, stanca della vita piena di violenza e menzogne che fa con lui, gli rivela di aver abortito di proposito per non mettere al mondo un altro figlio che sarebbe diventato un mafioso assassino come il padre. Michael è sconvolto a tal punto da aggredirla fisicamente e Kay lascia così per sempre la famiglia, nonostante i suoi due figli restino con Michael per volere di quest'ultimo.

Ormai solo, Michael si ritrova nella villa sul lago e ripensa con rimpianto ai ricordi della sua famiglia, quando, il giorno dell'entrata in guerra degli Stati Uniti nel 1941, stavano festeggiando tutti insieme per il compleanno di loro padre Vito e lui rivelò la sua decisione di partire volontario per il conflitto al fine di emanciparsi dalla loro condotta criminale, venendo supportato nella sua scelta solamente da Fredo.

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